1934年，在斡旋中日关系的奔波上，梅屋终于病倒，于11月23日去世，享年65岁。在他的葬礼上，蒋介石赠送了花圈，他的灵柩覆盖着日本和中国两国的国旗。梅屋在生命的最后时刻，并没有因为自己为辛亥革命付出的努力而自傲，相反，他留下遗言嘱咐子孙保守秘密：“我基于与孙中山的盟约，决意参与中国革命。于此相关的日记、信件等概不对外泄露。”梅屋去世以后，夫人德和女儿千世子一直居住在上海。日本战败后，国民政府多次颁布特别指令保护他们一家。蒋介石执意劝说德留在中国，而最终德还是返回日本为梅屋守灵。蒋介石特意安排了美军的运输船送她们回国。德于1947年去世。此后，梅屋的后人在日本过着平静的生活，因为特殊的历史环境，他们一直无法回到中国。直到1978年，宋庆龄邀请千世子夫妇访华。事后宋庆龄还给千世子回信：“时间和形势永不能抹掉这宝贵的友谊，什么也不能抹掉它。”在“不能”的下面，宋庆龄特意画了一道横线。
 

后来千世子的女儿主和子(小坂文乃之母)嫁到了世代经营松本楼的小坂家。松本楼本身也是梅屋和孙文在日本经常聚会的场所。2008年中国国家主席胡锦涛访日的时候，时任日本首相的福田康夫特意在松本楼设宴招待了胡锦涛。而在两国众多学者和政治家的鼓励和帮助下，小坂文乃开始整理曾外祖父的文件、书信和日记，终于使得这段历史重新浮出人世。“根据相关学者的研究，梅屋一生给中国革命事业贡献的金钱，折合成现在货币高达一兆日元之多。”小坂文乃说，“作为他的后代，我认为如果能把这段美好的友情传递给日中两国的人民，能够让日中两国的民众内心感受到些许温暖，那就是莫大的欣慰，而这也正是梅屋庄吉留给他的子孙的最丰厚的精神财富。”